Tradicionalmente, utilizamos a classificação dos seres vivos em cinco reinos: Reino Monera, Reino Protista, Reino Fungi, Reino Plantae e Reino Animalia. Essa classificação, apesar de ser bastante difundida, apresenta alguns problemas, como é o caso da maioria dos sistemas de classificação. É por isso que novos sistemas são frequentemente criados, a exemplo da classificação em três domínios, da qual trataremos a seguir. → Classificação em três domínios Os domínios são uma categoria superior a reino e dividem os seres vivos em três grupos diferentes: dois grupos de procariontes e um grupo de eucariontes. Essa classificação em domínios foi proposta por Carl Woese, em 1977, um pesquisador que utilizava a filogenia molecular para apoiar suas conclusões. De acordo com essa classificação, existem três domínios: o Domínio Archaea, Domínio Bacteria e o Domínio Eukarya.
→ O que os domínios mudam na classificação em cinco reinos? Utilizando a classificação de domínio, percebemos que o Reino Monera deixa de existir, uma vez que ele foi dividido em dois domínios. Outro grupo que não é mais considerado pelos pesquisadores é o chamado Reino Protista, porém o termo, que não significa uma categoria taxonômica, pode ser usado para identificar os organismos eucariontes unicelulares e as algas multicelulares.
Monera é um reino biológico que inclui todos os organismos vivos que possuem uma organização celular procariótica, como bactérias, cianobactérias e arqueobactérias. O termo Monera na classificação atual encontra-se obsoleto, e seus integrantes foram divididos entre os reinos Eubacteria e Archaea, no sistema de três domínios e/ou de seis/oito reinos. Algumas vezes o reino Monera, era chamado de "Procariontas" ou "Prokaryotae". Na influente classificação de Lynn Margulis, o termo Monera significava o mesmo que Procarionte, e deste modo continua sendo usada em muitos manuais, livros e textos.
Tradicionalmente os organismos foram classificados como animais, vegetais ou minerais, como no Systema Naturae de Linnaeus. Após a descoberta do microscópio, várias tentativas foram feitas para ajustar os micro-organismos nos reinos animal ou vegetal. Muitos desses organismos eram tratados como uma divisão do reino Plantae, chamada Schizophyta, e dividida em duas classes: Schizomycetes (bactérias, que eram consideradas "fungos") e Cyanophyta (algas azuis-esverdeadas ou cianofíceas). Em 1866, Ernest Haeckel propôs o sistema de três reinos que adicionou o grupo Protista como um novo reino que continha os organismos microscópicos.[1] Uma das oito divisões do novo reino Protista foi chamada de Moneres (Monera), e incluía todas as bactérias então conhecidas. O reino Protista de Haeckel também incluía diversos organismos eucariontes, o que comprometeu o reconhecimento do grupo nos anos seguintes. Embora, a distinção de procariontes e eucariontes seja creditada a uma publicação de Eduard Chatton, em 1925 (apesar dele não enfatizar esta distinção mais do que outros biólogos de seu tempo), ela não foi notada até 1982.[2] Barkley, em 1939, criou o reino Monera dividindo-o entre arqueófitas (Archeophyta), hoje chamadas de Cyanobacteria, e esquizófitas (Schizophyta), um termo que foi muito usado pelos botânicos para se referir as bactérias. Roger Stanier e C. B. van Niel acreditavam que as bactérias (termo que na época não incluía as cianobactérias) e as algas cianofíceas tinham uma única origem, uma convicção que culminou no trabalho de Stainer de 1970, “Eu penso que é agora muito evidente que algas azuis-esverdeadas não são distinguíveis das bactérias por nenhuma característica fundamental em sua organização celular”.[3] Outros pesquisadores, como Ernst Pringsheim Jr., em 1949, suspeitavam de origens distintas para bactérias e algas cianofíceas. Em 1974, o Bergey's Manual publicou uma nova edição cunhando o termo cianobactéria para se referir as então algas cianofíceas ou algas azuis, marcando a aceitação deste grupo dentro dos Monera.[2] Em 1969, Robert Whittaker, publicou o sistema de cinco reinos para a classificação dos seres vivos.[4] O sistema de Whittaker colocou quase todos os seres unicelulares ou no grupo procarionte Monera ou no grupo eucarionte Protista. Ele, entretanto, não acreditava que todos os seus reinos fossem monofiléticos.[2] Em 1977, Carl Woese e George Fox demonstram que as arqueas (inicialmente chamadas de arqueobactérias) e bactérias não aparentam ser mais próximos um do outro do que dos eucariontes. Inicialmente muito controversa, a hipótese tem sido bem aceita, e o antigo reino Monera foi substituído pelos reinos Eubacteria e Archaea.[2] Estes dois grupos podem ainda ser tratados como sub-reinos, mas a maioria dos novos esquemas taxonômicos tendem a tratar Bacteria ("Eubacteria") e Archaea como domínios e/ou reinos distintos.
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Com a classificação dos seres vivos em três domínios, o reino Monera se tornou obsoleto
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